上海光华专利事务所 余明伟[1]

一、背景介绍

    生物芯片技术[2]曾被美国财富杂志称是20世纪科技史上影响深远的两件事之一。美国总统克林顿在1998年1月的国情咨文中指出："在未来的12年内，基因芯片将为我们一生的疾病预防指点迷津"。据统计在过去十年中美国政府与产业界共投入了20亿美金用于以基因芯片为主的生物芯片的研究开发与产业化。Front Line策略咨询公司在2001年11月的“DNA芯片战略市场分析”报告中指出，2006年DNA微列阵市场有望达到36亿美元。在中国，98年我国科学家正式涉足此领域，98年至今国家级研究经费已达700万人民币，2000年的中国工程院首次工程科技论坛，主题就是“生物芯片技术”，并且国家“973”计划中，生物芯片的研究经费达4亿元。在产业化方面，我国的基因表达谱芯片，转基因农产品检测芯片，新孕儿基因缺陷监测芯片，乙病毒、丙肝病毒和艾滋病病毒基因检测芯片等都已进入了临床应用和商业开发阶段。上海博德基因科技有限公司也曾把估价2.5亿的基因芯片技术转让给上海博星基因芯片有限公司，以让后者进行基因芯片的商业研发与销售。但我们不禁要问，面对具有巨大市场前景的基因芯片商业市场，我们是否会遭遇类似于国内DVD制造、出口等方面的知识产权“6C”事件。为此本文通过介绍发生在美国与欧洲的基因芯片技术专利纠纷，主要是其产生、波折过程、解决方式以让我国的生物芯片产业从业者有所借鉴与启迪，尤其是在专利保护与合作方面。本文将从基因芯片专利纠纷的状况、基因芯片技术的专利分析、专利侵权判断、专利的地域保护、基因芯片技术专利纠纷的对策几个方面作出抛砖引玉的论述。

二、专利纠纷的状况

    几乎所有的资料表明，基因芯片技术专利纠纷战是随着潜在的经济利益的显现而逐步升级的。到了90年代后期，已有多家公司如美国Affymetrix公司(以下简称AFFY)、Hyseq公司、Incyte药业公司、Synteni公司、英国的牛津基因科技公司(简称OGT)等等有了商品化的基因芯片销售与服务。
AFFY公司与Hyseq公司
    最初的专利纠纷出现于1997年3月与12月，Hyseq公司在北加利福尼亚地方法院起诉AFFY公司，声称AFFY公司使用的基因芯片技术侵犯了其关于DNA杂交技术的专利[3],[4]。1998年9月AFFY公司用自己的专利对这些Hyseq专利的权利要求进行了抗诉[5]。在经过3年多耗资颇巨的基因芯片专利诉讼之后，双方终于在2001年10月达成了全面解决专利争纷的协议[6]。两家公司取消在美国地方法院的所有专利诉讼请求；互相承认各自所取的专利的合法性和强制性；双方终止对向美国专利局申请专利获权的干扰。同时，根据解决协议，Affymetrix有权获得Hyseq关于阵列相关专利的商业许可证，Hyseq在AFFY保留知识产权商业使用的情况下，有权获得内部使用许可证。Hyseq还达成了关于AFFY公司GeneChip技术的BiotechAccess(TM)供应协议。
AFFY公司与Incyte药业公司
    AFFY公司作为基因芯片业界的领导者，遇到的最大专利技术竞争者是Incyte药业公司。1998年1月6日，AFFY公司在特拉华州Wilmington地方法院起诉Incyte药业公司与Synteni公司，声称他们侵犯了其关于基因芯片制造的核心专利，即在1平方厘米的传感器上的矩阵使用了1000个或更多的DNA序列[7],[8]。Incyte与Synteni公司对此进行了回应（Incyte药业1998年1月收购了Synteni公司），声称他们是使用自己的专利在矩阵上固定基因片段[9],[10]。接着在1998年9月AFFY公司向法院申请禁令要求Incyte停止“制造、销售或者供应基因表达微阵列产品和服务”，而Incyte同时向美国专利商标局申请特殊的“干预程序（interference proceeding）”，声称他的专利使AFFY的主要权利要求无效了。但双方的动机都失败了，法院驳回了AFFY的申请，美国专利商标局裁定已有证据不足以支持AFFY的专利无效[11]。2000年8月18日，Incyte药业公司在北加利福尼亚地方法院对AFFY公司也提出了诉讼，Incyte药业首席律师Lee Bendekgey声称AFFY侵犯了其涉及利用样品细胞mRNA扩增RNA以用于基于微阵列的基因表达分析的专利[12]。2001年1月25日，在AFFY针对Incyte药业和Hyseq的侵权诉讼中，北加利福尼亚地方法院作出了Markman 裁决（Markman ruling，它针对Markman order作出，其试图对专利纠纷中涉及的权利要求作出清晰解释），对AFFY公司的专利包括权利要求与说明书中一些特定词的含义进行了解释[13]。在接下来的2001年10月15日，北加州州立法院作出了几条概要性判决（Summary judgment，概要性判决是确认诉讼案进入审判的预审过程）。裁决认为AFFY公司的分色萤光标记技术（US5800992）由于在其专利说明书中有一些术语描述含糊、有些技术揭示不够详细而被确认专利无效。法院还判定Incyte公司的cDNA芯片技术并未侵犯AFFY公司的寡核苷酸芯片技术（US5,445,934号专利和US5,744,305号专利），同时法院也否定了Incyte公司提出的AFFY公司寡核苷酸芯片技术专利（US5,744,305号）无效的请求。法院又定下2002年4月审理Incyte公司其他产品是否侵害AFFY公司的寡核苷酸芯片技术（US5,445,934号专利和US5,744,305号专利）以及AFFY公司是否侵害Incyte公司的cDNA芯片技术（US5,891,636与US5,716,785）的裁决[14],[15]。经过这么漫长的纠葛，2001年10月25日Incyte公司突然宣称要退出芯片研究领域。2001年12月21日，两家公司宣布彼此之间的专利诉讼已经全部妥善解决。这些诉讼中涉及AFFY公司几个基因芯片基础专利，涉及Incyte 公司RNA扩增专利。两家公司同意在各自知识产权的基础上进行交叉许可[16]。
AFFY公司与英国牛津基因科技有限公司(OGT)
    值得注意的是，一家英国公司牛津基因科技公司(OGT)拥有了在矩阵上放置短的DNA片段的保护范围宽的基础专利，即Southern DNA 矩阵专利[17],[18]。1999年6月4日，OGT在英国与美国提出对AFFY的侵权诉讼。6月7日，AFFY从获得了OGT公司的Southern DNA 矩阵专利技术许可的Beckman Coulter公司（BCI）购买了微阵列生意，并认为这种购买使AFFY能够商业使用Southern DNA 矩阵专利。2000年4月7日，英国高等法院裁决AFFY从BCI公司的矩阵生意购买中并未取得OGT拥有的 Southern DNA 矩阵专利的转让权[19]。2000年11月2日，英国上诉法院推翻了高等法院的裁决一致认为AFFY通过购买BCI的微阵列生意获得了Southern DNA 矩阵专利的许可[20]。在美国，2000年11月10日，特拉华地方法院对于OGT对AFFY提起的诉讼已经作出第一阶段的裁决，法院虽没有对OGT专利的有效性作出判断，却也提出对于OGT专利AFFY持有有效的许可，并且法院认为AFFY的产品没有构成对OGT专利的字面侵权和主观侵权，但对于OGT专利适用等同原则时，AFFY的产品覆盖了OGT专利（侵权条件之一）。AFFY的高级副总裁首席律师Norviel声称，公司将利用一些原则如专利权滥用、专利申请中的欺骗行为、禁止反悔原则等来向OGT专利的有效性进行挑战[21]。然而到了2001年3月23日，AFFY与OGT针对一系列专利侵权诉讼达成了谅解：OGT与AFFY将撤回在特拉华地方法院的未决诉讼；OGT将停止在英国的侵权诉讼，双方撤回在英国就彼此专利申请无效的行为；OGT将撤回就在英国的许可诉讼问题向上议院提出的上诉申请；双方就在欧洲专利局的其他相关专利停止对抗[22]。
    应当理解，专利权人拥有的是他人未经许可禁止利用其专利技术的禁止权，而非实施其专利技术的权利，因为实施己方的专利技术可能侵犯他人的基本专利。

三、基因芯片技术的专利分析

基因芯片的技术环节与专利纠纷
    专利纠纷的核心问题是属于某公司的专利技术的权利保护范围，因此有必要把专利纠纷的焦点定位于基因芯片技术的各个环节上（这里指的基因芯片技术是广义的概念，而不是仅仅指基因微阵列的制造技术本身）。那么，这里简要介绍基因芯片的技术环节，并把前述专利纠纷涉及的矛盾进行定位。如图1所示。
    涉及基因芯片的技术主要包括芯片的制备（基因的选用、靶DNA或oligo准备、点样仪的选用、点样）、杂交探针的制备（样品mRNA的抽提、mRNA的逆转录、PCR和探针的荧光标记）、杂交条件的优化技术（杂交液、杂交条件和洗涤条件的选择）和数据分析技术。
    
    由图1可见，基因芯片技术的各个环节都有可能出现专利纠纷，在“靶DNA 或oligo准备”环节所示的“AFFY ?”指的是AFFY芯片上所用的基因可能涉及他人的专利，这一点在后面会详细提及。
    对于目前在专利纠纷中涉及的核心技术粗略定位及其归属，如下面的表1所示：

表1 基因芯片专利纠纷涉及的核心专利技术粗略定位及其归属[23]

归属 技术	AFFY	INCYTE	SYNTENI	HYSEQ	OGT
矩阵制作：点样及固定	5,445,934 5,744,305		5,807,522		5,700,637 5,770,367
杂交探针的制备：探针标记（荧光）		5,716,785 5,891,636		5,525,464	5,700,637 5,770,367
杂交				5,202,231 5,525,464	5,700,637 5,770,367
图谱扫描与数据分析	5,795,716 5,800,992

    由表1可见，基因芯片技术的最主要环节已为几个公司所拥有，但彼此存在着交叉。
基因芯片专利保护范围的分析方法
    在美国，专利保护范围是严格依照专利权利要求的文字限定划界[24]。有如地契。专利权利要求通常具有独立权利要求与从属权利要求。独立权利要求从整体上反映了发明的技术方案，记载为达到发明目的的必要技术特征，这种必要技术特征的总和足以构成发明主题，使之区别于其他技术方案。从属权利要求包含了独立权利要求的所有技术特征，它要求保护附加的技术特征，是对引用的权利要求作进一步的限定。
    可见，专利保护范围的界定应当重点分析其专利的权利要求。而对于专利权利要求的分析，中国与美国均借用特征分析法，把专利的权利要求的文字描述拆解成若干个技术特征。例如，AFFY公司5,445,934专利的独立权利要求1可进行如标号所示的拆解[25]：一种底物①具有一个表面，②这一表面包含1000或更多的寡聚核苷酸，③这些各不相同并④已知其序列的寡聚核苷酸⑤共价结合于表面的⑥相隔离的已知区域，⑦这些寡聚核苷酸在所述的表面上占据的面积不到1平方厘米，⑧并且具有不同的核苷酸序列。 那么，此独立权利要求具有8个技术特征。
    如表1所示的核心技术，也应当用特征分析法进行分析。分析重点应当是技术保护范围的领域不同与相同之处。这在下一步的专利侵权分析及与侵权密切相关的申请专利无效中是极为重要的。
    对于在专利权利要求中出现的文字和措词，美国法院一般按普通的、惯常的字面含义来解释。在实践中的规则是，当权利要求出现了模糊不清的具体概念、措词时，首先应当用专利说明书对它进行解释，其次可以考虑按同行业普通常识或同行业人员来理解它，最后才考虑词典、字典中的解释[26]。这种权利要求的解释方式在基因芯片专利纠纷中，较多地为法院所运用。
    例如，HYSEQ对AFFY的诉讼中，在2000年8月1日，北加利福尼亚地方法院在Markman程序中针对HYSEQ专利权利要求中的特定词作出了一些解释。比如，措词“探针（probes）”“可以是标记的或未标记的，可能在溶液中或者附着于过滤器或底物”，以此反驳AFFY认为HYSEQ的专利仅覆盖寡聚核苷酸只在溶液中使用的观点；措词“测序（sequencing）”是指简单地“对于核酸片段的全长测定碱基的线形序列”，以此反驳“测序”不能覆盖用于重复测序或多态性检测的观点；措词“杂交条件”并不排斥在杂交洗涤与检测过程中实验错误的可能性[27]。
    在AFFY对Incyte药业与Synteni公司的诉讼中，法院再次运用了这种模式以解释AFFY专利（权利要求与说明书）中一些特定词的含义[28]。

四、专利侵权判断

判断专利侵权
    在美国，判断专利侵权是否成立，法院必须回答下面五个问题[29]：
第一， 被控侵权物是否构成对专利权利要求的字面侵权？
第二， 被控侵权物和专利发明相比，是否用大致相同的方式、完成大致相同的功能、并且达到大致相同的效果？（即等同原则）
第三， 发明专利是不是属于开拓型的发明专利？
第四， 专利权利要求是否因为禁止反悔原则而不能覆盖被控侵权物？
第五， 专利权利要求的等同范围是否因为覆盖了现有技术而无效？
    也就是说，法院判断专利侵权是否成立，首先按权利要求文字解释原告的权利要求，接着比较被控侵权物与专利权利要求，运用的是特征分析法，即对原告的专利权利要求与被控侵权物的技术特征进行拆解，如果被控侵权产品或方法缺少原告的专利权利要求的一项技术特征，字面侵权就不成立，如果被控侵权产品或方法除了专利权利要求里的全部技术特征之外，还增加了一项或者一项以上的技术特征，则专利侵权就成立。第二条的等同原则在专利侵权判定中也较为多见，但它必须结合具体的案件进行讨论。
    对于我们而言，让技术人员对原告的专利权利要求与被控侵权物的技术特征提出技术意见是很重要的。
    例如，AFFY公司5,744,305专利[30]的独立权利要求：一种寡聚核苷酸的矩阵，此矩阵包括①一个a至少具有一个平面的平坦的、b非渗水性的固体支撑物；②多个不同的寡聚核苷酸a附着于固体支撑物的第一表面，b其密度超过400个不同的寡聚核苷酸每平方厘米，c每一不同的寡聚核苷酸被粘附于固体支撑物表面的不同预定区域，d这些的寡聚核苷酸的序列是可测的，e并且在长度上不少于4个核苷酸。其从属的权利要求，针对寡聚核苷酸的长度、密度、纯度、载体等特征进行了进一步的限定。
    在美国，被控侵权物可以与独立权利要求或多个从属权利要求的某一个进行比较，以判断字面侵权是否成立。
    判断专利侵权适用等同原则，即被控侵权物和专利发明相比，是否用大致相同的方式、完成大致相同的功能、并且达到大致相同的效果，在OGT对AFFY在美国的诉讼中得到了体现。2000年11月20日，美国特拉华州地方法院认为，AFFY的基因芯片产品在等同原则的适用下包含了OGT专利5,700,637一项权利要求的全部技术特征 ，意味着AFFY的基因芯片产品对于OGT专利5,700,637有侵权可能。
专利侵权例外
专利权用尽原则
    在美国，专利权人售出专利产品以后，他对这个专利产品的独占性的权利就被“用完”了。公众从专利权人或者经过专利权人授权的人那里购买了专利产品以后，可以不再受专利权人的限制，自由地使用或者转卖专利产品。
    和专利权用尽原则紧密相关的一个概念是专利权人的默许问题。专利权人出售了专利产品的一个重要零件，这个零件除了用于组装专利产品以外没有其他用途。专利权人出售这个零件的行为就等于给了顾客使用专利的许可，专利权人的权利也就“用完”了。这体现在1986年马科公司诉克纳斯有限公司一案里[32]。这个案例可以较好地解释当客户从拥有基因芯片专利的专利权人购得点样仪时，专利权人等于给了客户使用点样仪制作基因芯片得许可，因为点样仪除了用于制作基因芯片外没有其他特定用途，除非专利权人出售点样仪时附加了其他特定条件。依据这一推断，利用从专利权人获得的点样仪制作芯片是正当的。
实验室使用
    我国专利法第62条第5款规定，专为科学研究和实验而使用有关专利技术的行为不视为侵权行为。在美国的专利法也有类似的规定。在司法实践中，法院一般把对专利产品进行实验和在别的实验过程中使用专利产品这两种情况区别开来。对专利产品进行实验是指以研究、改进专利产品为目的，实验的结果可能改变原来专利产品的技术性能，产生新的技术成果。这种实验活动是允许的，不视为侵权行为。而在实验过程中使用专利产品的结果对专利技术本身没有任何影响，这种行为很可能构成侵权行为[33]。
    例如，1998年4月17日， Stanford大学的Brown实验室在网上张贴了名为“MGuide”的手册，它公开了如何制造微阵列的机器（Brown、Shalon等人已为它申请了专利并在98年9月获得了授权，网页公开先于授权公开。）。迄今，已有数千人已浏览了MGuide，世界上包括中国、日本、澳大利亚、东欧在内的数十家实验室下载了手册，Brown实验室认为Stanford大学支持应用此技术用于研究[34]。
    不过，一般认为以营利为最终目的的实验，不属于专利法所规定的以研究目的的实验，不能逃避专利侵权的法律责任。

五、专利的地域保护

    专利权是由一国或地区的行政主管机关对专利权人的专利的确认。因此，专利具有地域性。在美国拥有基因芯片技术的专利权人，或者在欧洲一些国家拥有基因芯片技术的专利权人，如果未能及时在其他国家或地区申请并取得专利权，那么他就丧失了该专利在这些国家或地区取得专利保护的权利。对于AFFY、Hyseq、Incyte药业、Synteni、OGT公司关于基因芯片技术的核心专利，笔者依据德温特出版公司（Derwent Publication Ltd.）的《世界专利索引》找到了与之关联的等同专利[35]在世界范围的申请或授权情况，并以欧洲专利局和中国专利局的检索资料进行验证，确定这些核心专利在世界范围的专利保护情况。如图2所示。

图2 基因芯片技术核心专利的专利权保护的世界范围

国家	AFFY 5445934	AFFY 5744305	INCYTE 5716785	SYNTENI 5807522	HYSEQ 5202231	HYSEQ 5525464	OGT 5770367	OGT 5700637
澳大利亚
南非
挪威
巴西
匈牙利
美国
日本
新西兰
以色列
中国
加拿大
香港
韩国
奥地利
比利时
瑞士
德国
丹麦
西班牙
法国
英国
意大利
列支敦士登
卢森堡
荷兰
瑞典
希腊
爱尔兰
摩纳哥
葡萄牙

    资料来源：参见《WORLD PATNETS INDEX GAZETTE/A-M/CHEMICAL》, Derwent Publication Ltd., 美国专利AFFY5,445,934来自WEEK9540/V/p11；美国专利AFFY5,744,305来自WEEK9824/V/p21；美国专利Synteni5,807,522来自WEEK9844/V/p35；美国专利INCYTE5,716,785来自WEEK9814/V/p78；美国专利HYSEQ5,525,464来自WEEK9629/V/p63；美国专利OGT5,770,367来自WEEK9832/V/p27。以及参见欧洲专利局、中国知识产权局电子数据库专利检索。
    由图2所示，阴影的表示该专利在该国家已取得专利保护，该专利在除阴影外的其他国家未能取得专利保护，可以自由使用。

六、基因芯片技术专利纠纷的对策

利用专利地域保护的空白区
    对于专利地域保护的分析可知，无论竞争对手专利技术如何，在其无专利保护的国家可以自由地利用其技术、销售技术相关产品，例如在东南亚地区。也就是说，要充分运用图2《基因芯片技术核心专利的专利权保护的世界范围》，以找到竞争对手专利未覆盖的国家与区域进行商业开发。
    对于已经为竞争对手如AFFY、Hyseq、Incyte药业、Synteni、OGT等公司专利覆盖的国家与地区，在进行基因芯片相关产品、设备以及工艺方法的生产、制造、使用、进出口等方面就需要技术人员与专利律师共同确定是否有侵权的可能。例如，要注意点样仪的销售方许可的使用范围。
    值得我国生物芯片产业从业者注意的是，英国牛津基因科技有限公司（OGT）的美国专利5770367的同族专利GB19930015847在1994年8月1日进入中国申请，已经在2002年8月7日获得了授权公告。其名称为“标记试剂和测定方法”，这是一件权利要求覆盖面很宽的专利，也正是这件专利让AFFY公司作出了让步。
侵权的规避与技术的创新
    当竞争对手的专利在某一地域有专利保护，而我们又需要在这一地域开展商业活动时，我们需要判断侵权的可能。从技术上说，利用专利侵权的重要判定方法之一——特征分析法分析己方的产品或生产产品的方法与对方专利权利要求的区别，如果己方的产品完全覆盖了对方一项权利要求的全部技术特征，还增加了一项或者一项以上的技术特征，则专利侵权很可能成立。当对方运用等同原则或开拓性发明的解释来阐述权利要求时，也应当注意技术特征覆盖问题。反之，不构成专利侵权。从技术上说，当专利侵权的可能性很大时，我们需要寻找替代的技术，以使之不包含对方的特征技术。这种替代的技术可能来自公开并可公用的技术文献，如过期专利、在此地域为无效的专利、相应的期刊等等。另一种方式，那就是自己研发替代技术。
    当然，从技术创新的角度来看，如果己方的技术创新在竞争对手专利的技术特征之上又添加了一些具有促进产品、工艺良好性能的技术特征，那么竞争对手对于这些可以促进产品、工艺良好性能的技术特征的使用就需要我方的许可，这种交叉许可的方式在下面我们会更详细地提到。
    基因芯片专利技术的专利侵权分析是一项较为复杂的工作，我国的生物芯片商业公司应当有专人关注竞争对手的专利技术，并进行一些专利分析，这种分析最好与专利律师进行协作。其好处是，一方面是促进技术的吸收与创新，另一方面也是为应付即将面临的可能需要耗费巨资的专利纠纷。
申请专利无效
    在美国、欧盟、中国，当发生专利诉讼时，法院均有机会让被告申请原告专利无效。当己方产品或应用的方法落入对方权利要求范围时，向专利局申请对方专利无效有时也是一个好的途径。因为专利局授予原告的专利权未必就是真正正确或确切的保护范围，审查员在其审查过程中的疏漏也会使原告获得了比其发明创造范围更宽的专利权利要求。尤其是基因芯片技术发展迅猛，技术散落于不同的公司之间，原告专利的权利要求很可能由于其他公司技术的公开而受到限制、需要修正、甚至无效，这样己方产品就未必包含原告专利的一项权利要求的全部技术特征或与之等同，即专利侵权不成立。Hyseq 与AFFY、AFFY与OGT、AFFY与Incyte药业、Synten公司之间在专利诉讼中纷纷申请对方专利无效就是最好的例子。另一个很好的例子是辉瑞公司的“伟哥（英文名VIRGRA）”药品专利在美国获得了授权，却在英国被法官判为无效[36]。
合作与和解
    我们可以把涉及基因芯片技术的专利分解为“硬件”与“软件”专利。“硬件”指基因芯片技术本身，“软件”指点在矩阵上的进行应用的基因[37]。事实上，在矩阵技术的每一可想象的环节，均可发生专利纠纷。矩阵产品制造者Vysis公司领导Uwe Müller与另一家矩阵产品制造者Molecular Dynamics公司首席执行官Jay Flatley对此形象地比喻，专利纠纷如此复杂以至每人均可能站在他人的领地上，出门一不留神就遇上了诉讼。Hyseq 与AFFY、AFFY与OGT、AFFY与Incyte药业、Synten公司之间的专利纠纷就是明证。
    在“软件”专利上同样存在复杂现象，因为全球的许多专利局已在给予功能确切的新基因以专利权。一旦基因专利被授予，DNA芯片公司在利用这些基因点在矩阵上时应当寻求专利许可。AFFY公司副总裁Rob Lipshutz也承认：如果他人具有合法的权利要求，我们将尊重他们。
    但这种专利许可问题的规模几乎是不可克服的，因为数平方厘米的芯片上包含的基因序列可以是几万个以上。Vysis公司Müller说，如果要获得那些点在矩阵上的授权基因的许可，那么你的利润将迅速耗尽。此外基因专利权持有人无疑想保留许可权以期望在商业上使之资本化，或独占实施许可给一家芯片公司，这将明显地阻碍他人在商业上的使用。美国一家经纪公司Lehman Brothers在关于生物芯片的报告中指出，关于基因芯片的专利分散在多家公司状况意味着，没有一家公司拥有足够的专利地位以阻止他的竞争对手。Hyseq公司总裁Lewis Gruber（他同时是一位专利律师）认为这种专利上的均势将带来合作的深入，其有效方式是公司间有规则地交换许可接触对方的技术。
    实事上，专利纠纷的根本是不同公司之间利益的分配。如果矛盾双方对于利益分享达成了一致认识，那么纠纷就迎刃而解。正如前文所描述的，AFFY与OGT、Hyseq 与AFFY、AFFY与Incyte药业经过多年的争纷、耗费了大额的诉讼费用、最终均针对一系列专利侵权诉讼达成了谅解协议，相互承认对方技术的专利存在，并进行了不同范围的专利交叉许可，以共享利益。更进一步的是，Hyseq 与AFFY已经共同成立了合作投资机构N-Mer公司，以寻求商业用高密度芯片开发。N-Mer公司有权获得Hyseq 的杂交序列分析技术和AFFY的GeneChip（基因芯片）技术，并可获得AFFY的列阵和系统的供应。Hyseq总裁和首席执行官Ted W. Love, M.D认为这种解决方式将会为两家公司带来新的产品，新的市场，使公司不断得到升值；AFFY总裁Susan E. Siegel也对这种向前看的处理方法感到满意，并认为结合AFFY在DNA芯片生产上的专长和Hyseq的芯片技术，公司一定能够借助这个良机进一步拓展DNA芯片市场[38]。
    另一方面，矛盾双方利益分配有赖于一方对另一方技术优势、资源优势的认可。在基因芯片技术的各个基本环节上，谁拥有的技术优势与资源越多，谁在谈判地位上就处于优势而另一方处于劣势。从这一点上说，加强己方的技术与资源优势是根本的。鉴于此类官司的和解趋势更为明显，这种策略更值得提倡。
    当然，对于己方专利技术与资源的把握，可以在专利纠纷之前，就与密切关联的专利权人进行合作开发也不失为一个途径。